La mission consiste en la fourniture d’un appui technique continu à ces acteurs par la réalisation de missions d’appui-conseil, d’études, d’évaluations, de formations, d’échanges et des voyages d’études. Cet appui est fourni avec la prise en compte transversale du genre et des questions d’égalité femme-homme dans l’ensemble des activités de l’appui institutionnel. Les activités suivantes sont mises en œuvre par l’AT : 

• Renforcement du rôle de coordination du CNOUSP et de la mission de surveillance épidémiologique : Capitalisation sur les leçons apprises dans la riposte au COVID-19 ; Organisation des visites d’études à des centres européens de gestion des crises sanitaires ; évaluation et cartographie des risques ; élaboration d’une stratégie nationale pour la préparation et la riposte aux événements de santé publique ; élaboration du plan de préparation et riposte aux urgences de santé publique ; élaboration de la stratégie de communication sur les risques ; révision et élaboration des protocoles sur le contrôle et prévention des infections, biosécurité et bio sûreté ; appui à l’organisation et la gestion du dispositif national de préparation et riposte aux crises sanitaires (élaboration d’un manuel sur l’organisation et la gestion du dispositif national, organisation des exercices de simulation, etc.) ; mise en place au niveau central, régional et provincial d’une plateforme informatique de surveillance épidémiologique intégrée (analyse de l’existant, élaboration d’une feuille de route, développement et déploiement de la plateforme intégrée, accompagnement à l’utilisation de la plateforme)
• Renforcement du rôle de l’INH et du réseau de laboratoires de référence en matière de surveillance biologique : accompagnement de l’INH pour la mise en œuvre d’une démarche qualité dans les laboratoires de biologie médicale (ateliers sur le management de la qualité, organisation de voyages d’études, réalisation d’audit des laboratoires régionaux, etc.) vers une certification ISO 15189 ; appui à la mise en place de l’évaluation externe de la qualité (formalisation d’un programme national d’EEQ, mise en place d’une solution informatique de gestion de l’EEQ) ;
• Renforcement des capacités d’adaptation, organisation et résilience des établissements de santé face aux crises sanitaires :  appui à l’élaboration des plans blancs des établissements de santé de référence, test et validation des plans blancs
• Renforcement des compétences des professionnels de santé en matière de crises sanitaires : mise en place d’un Programme de formation spécialisé des professionnels du dispositif national de préparation et riposte aux crises ; mise en place d’un Programme de formation spécialisée des professionnels de l’INH et des laboratoires de référence.